独立学院与普通公办高校联系十分密切。 独立学院的申请者往往是普通公办高校。普通公办高校作为独立学院的申请者要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量。独立学院申请者的公办背景和办学声誉，使得独立学院从一开始就比较容易得到政府和社会的认可，并有较高的办学起点。目前，独立学院一般都举办本科层次的教育，其招生计划纳入国家统一招生计划。学生毕业按教育部规定颁发本科文凭和学士学位证书。
独立学院与民办高校存在许多相似之处。独立学院的合作者往往是社会力量，可能是企业、事业单位，社会团体或个人，也可能是其他有合作能力的机构。社会力量作为独立学院的合作者通常负责提供独立学院办学所需的各项条件和设施，参与学院的管理、监督和领导。社会力量参与独立学院的举办和管理，一是使独立学院的办学主体实现了多元化，形成了公办高校与社会力量共同办学的格局，独立学院在性质与民办高校相似；二是独立学院治理结构与民办高校相似。独立学院通常也要成立学院董事会作为院的决策机构，履行包括选任学院院长、筹措办学经费、审核财务预决算、协调合作办学各方关系和利益等职责。独立学院的领导体制一般也实行院董事会领导下的院长负责制，院长对院董事会负责，主要履行执行董事会决议、组织学院教学科研活动，组织实施学院发展规划、年度计划和财务预算等职责；三是独立学院与民办高校一样注重办学的市场取向。与普通公办高校相比，独立学院的专业设置更加强调适应市场需要，主要开设经济、社会发展需求量大的热门专业，如计算机科学与技术、电子信息科学与技术、英语、国际经济与贸易、工商管理、市场营销、旅游管理等，人才培养更加注重学历教育与职业教育的结合，课程体系和教学内容的改革主要致力于提高学生的就业竞争力。独立学院在办学体制、机制和取向上与民办高校的相似，使其较之公办高校有较高的办学效率。
独立学院有自身一些鲜明的办学特点。首先，独立学院既不是普通公办高校教学活动的简单延伸，也非民办高校的简单复制，而是公办高校与民办高校的混合，具有混合所有制性质。如浙江大学城市学院由浙江大学与杭州市政府、浙江省邮电管理局合作举办，苏州大学文正学院由苏州大学与一家民营房地产开发企业合作举办，云南大学滇池学院由云南大学与云南省两家大型股份有限公司合作举办。其次，独立学院能够集中学校和社会力量双方的优势资源办学。独立学院所具有的混合所有制性质使其既能够集中普通公办高校的品牌资源、教师资源和一定的政策资源，又可集中社会力量的物质资源和一定的管理资源，实现优势互补。这就克服了普通公办高校普遍教育投入有限、办学条件和设施较差，民办高校大楼易建、大师难求以及政府和社会认可度不高的不足。第三，独立学院采用新的办学模式。独立学院通常具有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，具有独立法人资格，独立承担民事责任。新的办学模式加上体制上、机制上以及办学取向上与民办高校的相似，使独立学院从一开始就有较高的办学效率。第四，独立学院比较容易得到政府政策的有力支持。独立学院的产生和发展与政府推进高等教育大众化的目标相契合，既减轻了政府财政的高等教育投入压力，又盘活了普通公办高校存量教育资源，还扩大了增量教育资源，同时为政府改革高等教育办学机制和模式提供了一种有益探索，因而比较容易得到政府政策支持。如较快得到办学许可，允许直接举办本科层次教育，招生纳入国家计划，毕业按规定发放本科文凭和学生学位证书。这些政策往往都是普通民办高校需要很多年才能够拿到的。
总之，独立学院由于兼具了普通公办高校和民办高校的优点，又克服了二者的不足，因而成功地走出了一条既有别于普通公办高校、又有别于普通民办高校的中国高等教育的第三条道路。
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